科技大學之教育目標，以培訓技職體系學生的教學為主，與產業間進行產學合作為輔。工程學院在此理念下，系所之首要任務為教學，產學合作則由教師群組成研發團隊或研發中心為推動的單位。

工程學院組織包含以教學為主的機械工程系暨碩士班、化工與材料工程系暨碩士班、電機工程系暨碩士班、電子工程系暨碩士班與資訊網路工程系；以推動產學合作為主的院研發中心，目前規劃設立的有「電漿與雷射研發中心」、「嵌入式系統研發中心」及「微小化行動裝置研發中心」；研發中心由跨系所教師以相同領域之研究與技術發展所組成，經院務會議通過成立。同時為達資源有效利用，工程學院成立「貴重儀器中心」，將工程學院內超過300萬元以上之設備納入中心綜理，編列相關之維護費用與對外技術服務推廣，各實驗室之使用與教學仍屬各系實驗室負責教師管理。

由於本院助理教授以上師資已到達86.9%，且院內產學合作績效良好，為培訓高科技產業人才，預定申請博士班。

另為因回流教育中有相當程度的學生對在職碩士班的需求甚大，本院已於96學年度開設碩士在職專班。
    

工程學院組織圖：